為落實中俄兩國總理定期會晤成果、國家及省市“十三·五”發展規劃綱要，以及中科院與安徽省在科技成果轉化領域合作精神。基于國家創新驅動發展戰略、系統推進全面創新改革試驗的核心任務總體要求，中科院合肥物質科學研究院與合肥市政府合作共建“合肥離子醫學中心”以“合作+自主”創新模式，依托“EAST 超導托克馬克實驗裝置”等國家大科學工程技術基礎，與國際一流科研院所、跨國企業、醫療機構戰略合作，引進成熟、先進的質子治療系統，研制超導質子治療系統等國際水準的高端醫療裝備，整合創新資源、開展多學科交叉研究、催生變革性技術，推動高端醫療裝備產業布局，建設集離子醫學技術研發、治療、培訓、數據化處理中心和離子醫學醫療裝備的研發、國產化，兩個公共平臺為一體的創新科技基地，助力安徽省及合肥市戰略性新興產業發展。
2016 年 3 月，中國科學院下文[科發函字[2016]56 號]批復同意合肥研究院依托合肥離子醫學中心引進和自主研發超導質子治療系統。作為戰略性新興產業和大健康產業，同時也是合肥綜合性國家科學中心七大平臺第一個落地的項目，合肥離子醫學中心的公共平臺—合肥中科離子醫學技術裝備有限公司，致力于研發、制造 SC200 超導質子治療系統，同時積極開展與國內外先進的研發機構、高端醫療裝備制造企業、國際一流離子治療機構合作，力爭快速、高質量的實現產業化，推動合肥市大健康產業和高端醫療裝備技術加速發展。